過度使用未經(jīng)無害化處理的糞便會危害農(nóng)作物、土壤、地表水和地下水水質(zhì)。在某些情況下(通常是新鮮糞便)有燒苗現(xiàn)象;大量使用糞便也能引起土壤中溶解鹽的積累，使土壤鹽分增高，植物生長受影響。據(jù)報道，1999年在非洲有31%的牧場因畜禽糞便污染導(dǎo)致土壤發(fā)生鹽漬化，土壤肥力下降。

新鮮禽畜糞便（也叫生糞），沒有經(jīng)過發(fā)酵腐熟，直接施用，會在土壤中進行自然發(fā)酵，產(chǎn)生熱量，產(chǎn)生許多問題：

1、傳染病蟲害

家畜農(nóng)家糞中含有大腸桿菌、線蟲等病菌和害蟲，直接使用會導(dǎo)致病蟲害的傳播，作物發(fā)病，對食用農(nóng)產(chǎn)品的人體健康也產(chǎn)生影響；未腐熟的雞糞在土壤中發(fā)酵時，容易滋生病菌與蟲害的發(fā)生。

2、施入土壤二次發(fā)酵導(dǎo)致燒苗

發(fā)酵不充分的家畜農(nóng)家糞施到地里后，當?shù)販厣哌_到發(fā)酵條件時，便開始發(fā)酵，若發(fā)酵部位根部較近，且作物植株較小，發(fā)酵產(chǎn)生的熱量會影響作物生長導(dǎo)致燒苗，嚴重時導(dǎo)致植株死亡。

3、導(dǎo)致果樹爛根，黑根

家畜糞普遍是強酸性肥料（PH值為3.6~4.7），因此在果園里施用酸性家畜糞，易造成果樹爛根、黑根、黃葉、樹勢早衰、黃化病，嚴重時導(dǎo)致植株死亡。

4、易產(chǎn)生毒氣危害

生糞在分解過程中易產(chǎn)生甲烷、氨等有害氣體，使土壤和作物產(chǎn)生酸害和根系損傷，更重要的是產(chǎn)生的乙烯氣體有抑制根系生長的作用，也是燒根的主要原因。

5、土壤缺氧

生糞中有機質(zhì)在分解過程中易消耗土壤中的氧氣，使土壤暫時性的處于缺氧狀態(tài)，會使作物生長受到抑制。

6、肥效緩慢

未發(fā)酵腐熟的家畜糞中，養(yǎng)分多為有機態(tài)或緩效態(tài)，不能被作物直接吸收利用，只有分解轉(zhuǎn)化成速效態(tài)，才能被作物吸收利用。所以未發(fā)酵直接施用使肥效減慢。

7、重金屬超標危害

重金屬是指比重大于5的金屬，約有45種，包括鉛（Pb）、鎘（Cd）、汞（Hg）、鉻（Cr）、銅（Cu）、鋅（Zn）、鎳（Ni）等。砷（As）雖不屬于重金屬， 但因其來源以及危害都與重金屬相似，故通常列入重金屬類進行研究討論。重金屬在畜禽糞便中的積累量與畜禽的種類有關(guān)，同一種類中，重金屬含量又與畜禽的年齡、畜禽糞便的處理方式等因素有關(guān)，但最終取決于飼料添加劑以及在防治畜禽病害中一些微量元素的使用量。

隨著集約化、規(guī)?；B(yǎng)殖業(yè)的快速發(fā)展，一些重金屬元素等被廣泛應(yīng)用于飼料添加劑，加之微量元素在動物體內(nèi)生物效價很低，大部分都隨畜禽糞便排放到環(huán)境中，給生態(tài)環(huán)境造成巨大的壓力。當這種含有大量重金屬的畜禽糞便長期施用于農(nóng)田時，可造成土壤的重金屬污染，其中的重金屬元素在土壤-水-植物系統(tǒng)中積累轉(zhuǎn)化，并最終通過食物鏈對人體健康造成威脅。還有較多的激素殘留，造成農(nóng)產(chǎn)品重金屬超標，給食品安全、農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)的可持續(xù)發(fā)展埋下隱患。

8、存在利用不便、效率低等問題

生糞未經(jīng)處理，不易運輸，體積大，有效成分低，使用成本高。有機物向腐殖質(zhì)轉(zhuǎn)化的時間較長，養(yǎng)分流失嚴重。